V příkazovém řádku můžete ke kontrole disku využít příkaz chkdsk, který zkontroluje strukturu jeho obsahu. Základní použití příkazu je bez vložení rozšiřujících parametrů, kdy dojde k automatické kontrole aktuálního disku, nejčastěji jej tedy využijete spuštěním na výchozím systémovém disku C:. V průběhu kontroly se otestují indexové položky, o průběhu budete detailně informování. Celý proces odpovídá spuštění kontrole bez automatické opravy chyb, se kterou se můžete setkat při spuštění Windows po jejich nekorektním ukončení hned během startu.
Pro určení kontroly na jiný, než aktuální disk, doplňte jeho označení za příkaz chkdsk. Ve výchozím nastavení při spuštění bez jakýchkoliv rozšiřujících parametrů navíc chkdsk neprovádí automatickou opravu nalezených chyb. Abyste tento nedostatek vyřešili, doplňte jej o parametr /F. Například tedy pro kontrolu a automatickou opravu chyb na disku F: zadejte chkdsk F: /F.

Výsledek testu nástrojem chkdsk
Aby byl příkaz chkdsk s opravou nalezených chyb úspěšný, musí být jednotka přepnuta do vyhrazeného přístupu – typicky u systémového disku (běžně C:), tak nelze parametr /F využít za běhu, a proto vám chkdsk po svém spuštění zobrazí chybovou hlášku a nabídne automatické spuštění kontroly s opravou při dalším startu systému Windows.
Kromě uvedených základních parametrů vám příkaz chkdsk nabídne také možnosti rozšíření o název souboru, u nějž dojde ke kontrole fragmentace. Stačí, abyste soubor s plnou cestou vložili jako rozšiřující parametr. Nejen v souvislosti s informacemi o jednotlivých souborech můžete využít praktického přepínače /V, jenž zajistí výpis kompletní cesty u každého souboru (v rámci systému FAT323), případně zobrazení detailní zprávy o čištění, pokud jsou k dispozici (NTFS). Program chkdsk nabízí ještě další možnosti kontroly disku, podrobné informace získáte vložením příkazu chkdsk /?.